NanoGUNE es una asociación privada sin ánimo de lucro impulsada por el Gobierno Vasco en 2006. La gestión global del centro se encuentra en manos de una Junta Directiva, formada actualmente por todos los socios.
La estrategia de nanoGUNE se centra en llevar a cabo investigación de excelencia y transferencia de tecnología en nanociencia y nanotecnología, impulsando la formación de alto nivel para investigadores y promoviendo la cooperación entre varios agentes de la red vasca de ciencia, tecnología e innovación, así como entre estos agentes y la industria.
Desde su constitución en 2006, nanoGUNE ha obtenido una cantidad de fondos importante de convocatorias competitivas de los gobiernos locales, la industria y la Unión Europea.
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