NanoGUNEren estrategia nanozientzia eta nanoteknologiaren alorrean ikerketa bikaina eta teknologia-transferentzia gauzatzea da, ikerlarien goi-mailako formakuntza eta heziketa bultzatuz, bai eta euskal zientzia, teknologia eta berrikuntzako eragileen artean eta eragile hauen eta industriaren artean lankidetza bultzatzea ere.