CIC nanoGUNEk garatzen dituen ikerketa-jarduerak honako lau esparru estrategiko hauetara zuzentzen dira:

• Behe-dimentsioko egituren fisika, nanoegiturak eta nanoeskalan egituratutako sistema konplexuak.
• Nanomaterialen (nanopartikulak, nanohodiak, geruza finak, nanokonposatuak) eta material nanoegituratuen sintesia, mihiztatzea eta nanofabrikazioa.
• Nanogailuen garapena eta elektronika molekularrean, espintronikan, nanomagnetismoan eta nanofotonikan duen eragina.
• Nanopartikula biofuntzionalak eta nanobioteknologia.

Ikerketa-programa 10 ikerketa talderen bitartez garatzen da.