Gure helburua Euskal Herria nanozientzia ikerketaren abangoardian kokatzea da, gizarteak nanoteknologia sorta zabal batek eskaintzen dituen aukerak aprobetxatzeko ahalmena izan dezan.
NanoGUNE ikerketa zentroaren misioa nanozientzia eta nanoteknologiako bikaintasun-ikerketa egitea da, Euskal Herriko lehiakortasun ekonomikoa areagotzeko xedez.